Cuando Fernando III de Castilla conquistó Córdoba en 1236, la Mezquita fue consagrada como catedral (recordemos que el término «catedral» significa una iglesia donde se encuentra el asiento del obispo, y que no todas las catedrales son enormes iglesias góticas). En 1266, bajo los auspicios de Alfonso X de Castilla y León, se construyó una Capilla Mayor gótica ocupando parte de la expansión de Al-Hakam II y utilizando su lucernario, hoy en día la Capilla de Villaviciosa, como altar mayor. [arriba]
Construcción polémica del crucero
En 1523 las autoridades eclesiásticas de la catedral ordenaron que se construyera una nueva capilla mayor y crucero en el centro de la mezquita-catedral, ocupando parte de la expansión de Abd al-Rahman II. Aunque esta decisión fuera bastante moderada en su época, tomando como referencia la destrucción previa de otras antiguas mezquitas en su totalidad para la construcción de catedrales nuevas, las reformas propuestas enfrentaron al Cabildo con los canónigos en una disputa amarga que sólo se resolvió con la intervención del rey Carlos I. Aunque decidió a favor de la Iglesia (y en contra de las protestas de sus propios autoridades en la ciudad) al visitar Córdoba no permitió que los canónigos se regocijaran en su triunfo, y se mostró molesto por las reformas una vez que hubiera visto el edificio por primera vez.
Cúpula y techos del crucero Cúpula y techos del crucero
Carlos I no llegó a ver terminado el proyecto, que duró unos 84 años y 3 generaciones de arquitectos. Hernán Ruiz I, el Viejo, hizo la planta de cruz con brazos iguales y con la capilla mayor rectangular orientada de oeste a este. Muerto éste en 1547, su hijo Hernán Ruiz II levantó otro brazo del crucero, con otro estilo más renacentista que el lado opuesto construido por su padre, y siguió edificando el segundo cuerpo de crucero. Murió Hernán II en 1583. En 1599 se contrató a Juan de Ochoa para construir la base de la cúpula de la capilla mayor, terminada en 1600. Se acabó la capilla mayor con su crucero en 1607. Ciento cincuenta años más tarde, en 1757, se talló y se construyó la sillería del coro barroco, obra maestra de Pedro Duque Cornejo (quién murió después de entregar el último boceto, con 80 años), y último ejemplo en España de un coro tallado en madera.